574
NEUROLOGIE3418043010757101158205267310370429450493
PRO856804301074591154
PRAXI1031804301074591148201221
/12988043010731
Neurol.1374804301075593139165209227243
praxi.1633804301074672114152170186
2024;25(4):282-2861836804301074487128168183227271293334356370415457500525564606651
/25328043010731
www.neurologiepropraxi.cz460880430107651332012142633073553814284484965465656086586857327828098518919109269661005
2841248026012657115174
HLAVNÍ341207012670127198263336370
TÉMA733207012657114204274
Současné34136501063171112147189223263295
standardy6523650106306399140180219254294329
molekulárně‑patologického99736501065292124156192233264306341383415443478515543582613652692710744780812854895
testování19073650106306297129168205242283300
nádorů222336501063979119160196236
centrálního247536501063365106138174216247289306347388
nervového287936501063971106145184221253294335
systému323036501063068100133165220260
ve34062101094591
formolem45862101092779111189241265312391
fixované8766210109275296147192238290338
a1241621010945
do1313621010952104
parafínu144462101095399130176204227280331
zalité180262101094087110132164210
(FFPE)34076101092568110156199225
tkáně.58076101093072116165210228
Typickým82376101094582133155195236282357
příkladem119576101095181102145168211262307381
je159276101092267
kodelece167476101094291142187208254295338
oblastí340901010949101123167202233254
1p/19q,61290101094693123167209260279
která90990101094275120150194
je112090101092268
přítomna120690101095181102132181257307351
u1574901010950
oligodendrogliomů.16429010109497192143193245290341340104101095282133186208230281359410429
Také796104101094685128174
je997104101092269
možné10931041010976128167219266
hodnotit13851041010951103156208259290312343
změny17541041010940117164216259
počtu3401181010951101142174223
chromozomů,579118101094089118167242292329379454503521
jako1116118101092265107155
např.1287118101095093144173187
trizomie149011810109305980119168243264309
chromozomu18151181010940891181673401321010977129169221299351
7,718132101094758
10803132101094892
u9221321010951
glioblastomů100013210109527496148202225271308340391470521
bez15481321010953101142
mutace17171321010977129161207249296
v3401461010943
genu402146101095196147196
IDH1/IDH2.6181461010921801371772022232823383819981461010919
Následné4801601010961109148172222278332382
metody9141601010977127161214270317
využívají1283160101094594149192216264312337361
analýzu1696160101094599146171218262316
izolátu340174101092262114137182214265
nukleových6321741010952103148172219272317364406458
kyselin1117174101094491129176200222274
ze1418174101094087
tkání,1532174101093175121173196216
kdy1775174101094395140
je1942174101092370
nutné3401881010951102134185233
v5991881010945
první670188101095384132184206
řadě903188101093075128175
znát1105188101093991136167
stupeň1299188101093668120173220272
degradace1598188101095299152183228281326369415
izolované340202101092160109131181224268318364
nukleové7202021010950100142165211261304349
kyseliny1085202101094288124170192213263304
z14052021010939
fixované146020210109265092141184228278324
tkáně1800202101093072117167212
a3402161010943
procentuální397216101095180128168211260289337380400449469
zastoupení881216101093882116146194243293338387407
nádorových1303216101094991141190219267309353392441
buněk.17582161010951100148193234254
Doporučuje3402301010960110162213243293334384405451
se816230101093581
fixovat92223010109265092141184228258
tkáň1204230101093072117167
buď13962301010951101153
zmrazením,15742301010938114144188227272323344419438
nebo340244101095197150202
fixovat56824410109275194144188233263
v8572441010944
alkoholu927244101094467110159211262285335
(401288244101092671120
a14342441010944
více1504244101094466108153
procentním)1684244101095182133175220272302340258101095174153178
či553258101094265
pufrovaném6532581010952105134167219264311364412491
formolu.1179258101092780112191244267320341
Pro1555258101094980132
detekci17222581010952101133181226268291
mutací3402721010977128159205247269
typu636272101093077131183
jednonukleotidové846272101092269123174226278329373397444496527549602654698744
záměny1617272101093986164211263306
či1949272101094263
malé3402861010977123146194
delece5642861010953101124172216262
nebo857286101095199153206
inzerce1094286101092174115162194236283
se1407286101093785
využívá1523286101094492145186209255301
metoda18552861010977125340300101093182136181
mutačně5493001010977129161207249302349
specifického926300101093690138181204232257300344390443495
PCR,14483001010950104154177
případně1652300101095385107161207261313361
Sangerovo340314101094691143196243274326370421
(přímé)788314101092679110133211258284
sekvenování.1099314101093684128178226280334380427481505527
Mutačně16573141010974127161209253306355
specifické340328101093690139183207236262305350397
PCR7673281010949104154
se951328101093685
vyžívá1066328101094492136159206252
k13483281010943
průkazu1421328101095284137182229271324
specifických177532810109369013918320634034210109265294138186228279
mutací,6483421010975127159205248270291
např.968342101095095149180196
mutace11933421010975127159205248294
v15163421010943
genu1588342101095198150202
BRAF1819342101094796150194
(p.34035610109267999
V600E468356101095097146196243
(NM_004333.6:740356101092686161211261311360407453499519568589
c.17991358356101094062105146193242
T>A)1622356101094593147174
s18253561010936
citlivostí18903561010940639534037010109214591142180213236
kolem606370101094293118166244
18793701010947
%9553701010972
(Obr.1057370101092688143175193
2).127937010109477392
Sangerovo1400370101094591144197245277329374426
sekvenování1855370101093684129340384101094390142194238284336359
je724384101092270
vhodné819384101094496148202254301
pro1146384101095183134
sekvenování1305384101093684128176223275327371417469492
jakéhokoliv18233841010922671111573403981010950102146197221244289
genu,651398101095098150201222
nicméně895398101094972115192240292339
je1256398101092269
nutné13473981010950101133185233
mít1601398101097598130
v17533981010943
tkáni1817398101093074121173196
přítomno340412101095183106138189266318370
minimálně739412101097598150173250295318370418
15–201186412101094688137181228
%14434121010972
nádorových1543412101095096149201232284328376418469
elementů.214062101094569116194241294325376397
Sangerovo255762101094591142195243274326370421
sekvenování299862101093683128176223275327371417469492
u3510621010950
nádorů358062101095095148200214076101092981
CNS2245761010952113159
využíváme242876101094391143184207253299376423
k2875761010942
detekci294176101095198130177222263286
mutací3250761010976127159205248271
v3544761010943
genu361176101095098150202
IDH1214090101092181139181
a2338901010943
IDH2239890101092181139183
(IDH260090101092548109170
mutované2789901010975126157208252297348395
tumory320490101092980157208240286
(Obr.351090101092587140172188
3))37189010109457094
tam,2140104101092974149169
kde2327104101094292138
je2484104101092167
IDH12569104101092182141185
imuhohistochemicky2772104101092195145196246297319355387436478528574650672713755801
negativní,3592104101094995147191214011810109305298150173194
případně2353118101095183106159205258309357
je2729118101092269
nutné28181181010950101132184232
potvrzení30691181010951103135182214257304356378
interpretace34671181010921721041501812352673132140132101093076118165
nálezu.2326132101095096119166208259280
Mutace26281321010972124156202245291
v29411321010943
promotorové3006132101095183134211263295346378429473520
oblasti35471321010950103127173210243266
genu21401461010952101155209
TERT2380146101094490140186
není25961461010951101155179
tumorově2806146101093184164218251305351399
specifická3236146101093792142187211241268312358406
pro3673146101095386140
astrocytární2140160101094481114146197241287323369400453476
nádory,2645160101095196150202234281298
můžeme29721601010975127168215293341
ji3342160101092245
detekovat3416160101095199132178223274319365396
u21401741010950
oligodendrogliomů,221817410109497396149200254302354407438490543566589641718769790
glioblastomů303717410109507396148201225271308341392469520
a35861741010943
meningeomů.365817410109751222140188101095073125177225277355406427
V25881881010950
diagnostice2659188101095174119172223275313345368411457
meduloblastomů31371881010975123176228251303356380426463496547624675
a21402021010943
určení2201202101094979120165216238
jejich245720210109226890113154204
podtypů26802021010950101153184230283333
napomáhá3032202101094993145196271315366410
vyšetření3460202101094389126172203234279330352
mutace21402161010977130163211255302
v24712161010944
genu2542216101095198151202
CTNNB12771216101095197156215264306
(WNT31032161010926107168215
aktivovaný).3345216101094488122144189240284330381424450468
U21402301010958
pediatrických2215230101095298150171215244274295336378424464514
pacientů2746230101095196136157203253283333
se3096230101093581
v31952301010943
rámci3255230101092974149190211
diagnostiky3483230101095172115166216266302214024410109305193139
high‑grade2303244101095071122172202255284328380425
gliomů275324410109507293143218268
(HGG)3045244101092684143201226
specificky3295244101093687134175196223247288330375
vyšetřují36952441010943892140258101093683114144195218239
mutace24062581010976126157203244289
v27222581010944
genech2792258101095197149196238289
kódujících3107258101094392145196218240281303344395
histony3529258101095072108140190241284
H321402721010959104
(H3F3A),227027210109262295272101095799141184234259276
mutace25932721010975125155200240285
p.2903272101095270
K27,2998272101094998142152
případně3176272101095181103154199250300346
p.3548272101095169
G34,36422721010959105152170
vyšetřování2140286101094492129177208239291335381432455
dětských2622286101095299131169213260302353
nádorů3002286101095297150202233285
CNS33142861010954114160
je3501286101092370
předmětem359828610109538413118421403001010975120150194269
jiného242530010109214292137187236
článku2677300101094061104153195245
tohoto2938300101092978128177207255
speciálního3209300101093586132173193236257307328379428
čísla365330010109406196117160
(Koblížek2140314101092674122174196217257302345
et2504314101094575
al.,259831410109446584104
2024).2721314101094692136180204221
Metodika22803281010972118148197248269311356
NGS26523281010959117161
(„next2829328101092660110156198231
generation3076328101095095145191220264294314364414
sequencing“)35063281010936811331822272782140342101094162112164197224
je2390342101092268
stále2484342101093667112133179
častěji2689342101094185121152197219241
využívaná2955342101094490141181202246291341385
v33663421010943
rámci3435342101093074150191212
testování36733421010930751112140356101093079122166216238
somatických2403356101093686162206236257298340386426476
variant2905356101094387117138182232262
nádorové3193356101095093145195225275318363
tkáně.3581356101093072117168213231
Dnešní21403701010960111156192242263
metody24213701010975121151200252295
umožňují27343701010949125175213263313334356
testování3107370101093074110141190233277327348
až3473370101094382
celých3573370101094085107150189239
genomů,2140384101095299151203281333353
z25203841010939
pohledu25863841010953105158180227281333
diagnostiky2946384101095274119172224275313345367411458
nádorů3431384101095197150202233285
je3743384101092270
však2140398101094379123166
celogenomové2326398101094085107157208254304354430480523567
nebo2913398101095096148198
i31323981010921
celoexomové3173398101094085107157203246294370420463507
sekvenování37013981010935812140412101094288132181231273316366386
nevýhodné.2542412101094995137182233282333382428446
Sekvenování3003412101094489132177221271320363406455476
genomů3495412101095095144194268317
nebo394062101095096147198
celých415562101094185107150190240
exomů441362101094588136212261
generuje469262101095096146192222272294340
velké504962101094388110152197
množství5263621010975125175214251282328350
dat,394076101095093122141
z4096761010938
nichž414976101095070110159198
velká436276101094386108149193
většina457076101094387117153173222265
není485076101095095144165
pro503076101095180129
diagnostiku517476101095071113163212262297327347389438
významná.394090101094388128178221295344387408
Tak436790101094483126
velké451290101094389112155201
množství4732901010974125176216254286333356
dat510790101095095126
je525290101092268
značně533990101093890134176227274
náročné3940104101095197129181225278326
pro4296104101095284136
následnou4462104101095197135159207262314367420
analýzu,4912104101094496143166212255308329
a52711041010944
především53451041010952841321872353940118101094483107186
interpretaci4156118101092275107155188243276324358405449473
nalezených4659118101095198122171213262315360403456
variant,5145118101094492124148195248281303
což5478118101094193134
prodlužuje3940132101095386139195220273316369394444
celý4414132101094290115162
proces.4607132101095286139184232272294
Proto4932132101094981135168221
je5184132101092271
pro5286132101095386140
diagnostiku545613210109537712439401461010950102154191224247291343
somatických4308146101093587165210241264307351398440492
variant4824146101094389120144189241272
dnes51211461010951103150188
nejvíce5333146101095098121167191233279
využíváno3940160101094390141181204249294345396
cílené435516010109406286133184231
sekvenování4605160101093582126173219270321365410461483
panelů5107160101095196147194217268
genů,5394160101094996147198218
které3940174101094275121152198
jsou4157174101092258109160
spjaty4336174101093688111155186232
s45871741010935
diagnostikou,4641174101095072117168220270307339361405454505526
prognózou5185174101095182133185236287326376427
a39401881010943
cílenou400818810109406388135188239291
terapií4324188101093076108154207230253
nádorových4602188101095095148200232283328376417469
onemocnění.50951881010950102150227279322374422474497517
Pro3940202101094777127
samotnou4085202101093681156206237288338389
metodiku44932021010973120151201253275318369
je4880202101092268
důležité49672021010950100122168208231261307
mít5292202101097496127
DNA54382021010959119175
v39402161010944
dostatečné40142161010952105144178225258306350403452
kvalitě4496216101094493140164188221269
i47952161010922
kvantitě,4847216101094392140193225249282330351
což5228216101094193134
může53932161010976129171219
být3940230101095399135
někdy41062301010952101148202249
problematické4386230101095386140196221270351398431455500546594
u50112301010951
FFPE5094230101094591142189
vzorků.5314230101094589143176223277299
Kvalita3940244101094991136160183214261
i42272441010921
kvantita4274244101094290136188219242274320
DNA46202441010960122178
se4824244101093684
ověřuje4934244101094994140171223246294
hned52542441010950101149203
několikrát54832441010950973940258101094293117139184216262294
během4251258101095298148194270
procesu4538258101095282131173217253302
přípravy4858258101095181103154184228271317
vzorku.5192258101094484134164207257276
Pro5486258101094877126
samotnou3940272101093680155205235285335386
interpretaci4344272101092171100145175227257302333377418439
nalezených4801272101095093115160200245296337377427
variant5246272101094387117138182232262
se5529272101093683
uplatňuje39402861010951107132179212266319344394
několik43652861010951101147200225249295
kritérií,4692286101094377102136184218242266288
kdy5011286101094498145
se5187286101093786
v53052861010944
potaz53812861010952107140188231
berou3940300101095199131182234
varianty4203300101094389121144189241272319
jen4551300101092270122
s47023001010935
dostatečným47663001010951103140173219251297340392435513
počtem53083001010951104147181227305
sekvenačního3940314101093684129178225278324367419442497549
čtení,4518314101094175122175199219
které4767314101094277124157204
danou5001314101095197149202254
variantu5285314101094390122145191244275327
obsahují,39403281010950105143190243295319343364
a43343281010944
dostatečné44073281010952105143176223255303347399448
celkové4885328101094088112157208254301
procentuální52163281010952841361802272813133653940342101094569123147
zastoupení4118342101093988127162214268324374428452
dané4601342101095299153203
varianty4835342101094492125149196250283332
(nejčastěji5198342101092678127152196244283317365390415
se3940356101093685
toto4056356101093082115167
rozmezí4254356101093082123203252294318
pohybuje46033561010952106160204259313337386
od50193561010951106
1005155356101094793144
do53293561010952106
3005465356101094796147
čtení3940370101094177125179203
a41733701010945
minimálně42483701010977102155179259306330384433
3–54712370101094797146
%48883701010974
pro4992370101095386139
každou5161370101094492135189243297
variantu).54883701010945923940384101093055103157191245272292
Nicméně4268384101096186130211261316365
metodika46693841010978128162215272296343391
NGS50963841010961125173
umožní53053841010951132186228283307
nejen3940398101095098121169221
detekci4190398101095199131178223264287
variant,4506398101094389121144190242273294
ale4829398101094467115
dává4973398101095196140186
i51883981010921
informaci5238398101092173102153185263309351374
o39404121010949
alelové4012412101094366114137189234280
frekvenci4314412101092759106151199245297340363
dané4699412101095196148196
varianty.4917412101094389120144187237267312327
Metodou52634121010972118148197249299349
Obr.3414354011265120155175
3.534435401125073
Sangerovo652435901073985131176214240284322366
sekvenování1034435901073169106146183229274312356402420
a14704359010746
NGS,15324359010755108146163
detekce1711435901074684110147184220257
mutace19844359010771117143186223260
v22604359010738
genu2314435901074583130175
IDH12505435901071975130166
p.R132H2688435901074560105142176215267
Obrázky37174430955293116155187220255
A–C64074430954384130
zobrazují78574430953170111135173205246262279
detekci10787443095417599132165198214
mutace1306744309564105128167200233
v1553744309534
genu160174430954175117157
IDH1177274430951767116149
(NM_005896.4):c.395G>A,193674430952169130172211249285321357395410447466479512526563598634680724764780
p.(Arg132His).27317443095405473116139178210241275323339366385396
Na314274430954989
obrázcích324674430954081104142174207223257298
A,355974430954359
B3632744309539
jsou36857443095164382124
zobrazeny382374430953171112135173206239280312
sekvenogramy41497443095286295131164206246287311349413444
získané46087443095314874106146187222
Sangerovým484474430953576117157192215254288324387
sekvenováním.5246744309528619413116420524637175430953473114131194209
Mutace595754309560101124163197229
je83975430951550
zobrazena90375430953271112135174206239280321
červenou12387543095346790126159201241282
šipkou15357543095284484117157198
ve174875430953366
„forward“18297543095224383106164204227266289
(A)21337543095216485
i2232754309516
„reverse“22637543095224679114147170198232254
(B)25327543095215979
sekvenci.26267543095276194130164205239255270
Obrázek291075430955293117155187220253
C3178754309543
ukazuje323575430954174113145186202237
danou348675430954181122163204
mutaci3704754309564105128167200217
získanou39357543095314875106146188228269
pomocí421975430954081145185220236
metody447075430956397121160202235
NGS471975430954997131
a4865754309540
vizualizovanou49197543095345082123163180197228267301340382422463
programem53977543095406410337176430954063102165200263
IGV64976430951664104
(Thorvaldsdóttir76776430952159102142165202241258298325365405429454470493
et127576430953357
al.,1347764309540577185
2013).144776430953773106137156168
V1629764309540
daném168376430954181123157221
místě191876430956480107130163
(znázorněném20957643095215294134166206229271305346380444
červenou25537643095346790126159201241283
šipkou)28507643095284484117157198218
jsou30827643095164382124
zobrazena322076430953171112135173206239280321
jednotlivá35557643095165091132173196213229263303
čtení,38727643095335891132148162
kde404976430953373107
lze41707643095174881
vidět42667643095335091125148
báze442976430954081113146
odpovídající458976430954082123164197214254295311328361378
wild49817643095567288129
type512476430952459100134
(G)52737643095216787
i5374764309517
mutované54057643095641043717743095236396136177211
(A)5977743095216485
sekvenci.6967743095286194131164205239255270
Ve98077430954072
všech10667743095346195129170
případech12507743095416480121162202237270312
je157677430951650
sledovaná16417743095274377118158192231273313
sekvence19697743095276194130164205239271
zarovnána22557743095317194133167209249291331
k2600774309533
referenční26487743095235677110133166208241282298
sekvenci,29617743095276194130164205239255269
která32457743095335891114152
je341277430951550
na347677430954182
obrázku357277430954081105143175208249
C3835774309543
zobrazena389377430953170111135173205238280320
v4228774309533
dolní42767743095408097139155
části444577430953473100124140